Desde uma perspectiva protestante, o papado não é uma instituição de origem divina, mas resultou de um longo e complexo processo histórico. As Escrituras não dão apoio a essa instituição como uma ordenança de Cristo à sua igreja. É verdade que o Senhor proferiu a Pedro as bem conhecidas palavras: "Tu és Pedro e sobre esta pedra edificarei a minha igreja" (Mt 16.18). Todavia, isto está muito longe de declarar que Pedro seria o chefe universal da igreja (o primado de Pedro) e que a sua autoridade seria transmitida aos seus sucessores (sucessão apostólica). As primeiras gerações de cristãos não entenderam as palavras de Cristo dessa maneira. Tanto é que não se vê em todo o Novo Testamento qualquer noção de que Pedro tenha ocupado uma função especial de liderança na igreja primitiva. No chamado "Concílio de Jerusalém", narrado no capítulo 15 de Atos dos Apóstolos, isso não aconteceu, e o próprio Pedro não reivindica essa posição em suas duas epístolas. Antes, ele se apresenta como apóstolo de Jesus Cristo e como um presbítero entre outros (1 Pe 1.1; 5.1).

Mais difícil ainda é estabelecer uma relação inequívoca entre Pedro e os bispos de Roma. Os historiadores não vêem uma base absolutamente segura para afirmar que Pedro tenha estado em Roma, quanto mais para admitir que ele tenha sido o primeiro bispo daquela igreja. Ademais, é um fato bem estabelecido que não houve episcopado monárquico no primeiro século. As igrejas eram governadas por colegiados de bispos ou presbíteros (ver Atos 20.17 e 28; Tito 1.5 e 7).

Ao mesmo tempo, não se pode deixar de reconhecer que ainda na igreja antiga os bispos de Roma alcançaram grande preeminência, que o papado em muitas ocasiões prestou serviços crucialmente relevantes à igreja e à sociedade e que muitos papas foram homens de grande piedade, integridade moral, saber teológico e habilidade administrativa. Ao longo dos séculos, muitos dos principais eventos da história da igreja nas áreas da teologia, organização eclesiástica e relações entre a igreja e a sociedade tiveram conexão com a instituição papal. Originalmente, a palavra grega papas ou a latina papa foi aplicada a altos oficiais eclesiáticos de todos os tipos, especialmente aos bispos. A partir de meados do quinto século passou a ser aplicada quase que exclusivamente aos bispos de Roma. Foram múltiplos e complexos os fatores que levaram ao reconhecimento de que esses bispos detinham autoridade suprema sobre a igreja ocidental.

Em primeiro lugar, há que se destacar a importância crescente da igreja local de Roma desde o primeiro século. O livro de Atos dos Apóstolos termina com a chegada de Paulo a Roma. O apóstolo aos gentios escreveu a principal de suas epístolas a essa igreja e no segundo século surgiu uma tradição insistente de que tanto Paulo como Pedro, os dois apóstolos mais destacados, haviam sido martirizados naquela cidade. Além disso, já numa época remota a igreja de Roma tornou-se a maior, a mais rica e a mais respeitada de toda a cristandade ocidental. Outro fator que contribuiu para a ascendência da igreja romana e do seu líder foi a própria centralidade e importância da capital do Império Romano. Ao contrário da região oriental, em que várias igrejas (Alexandria, Jerusalém, Antioquia e Constantinopla) competiam pela supremacia em virtude de sua antiguidade e conexões apostólicas, no ocidente a igreja de Roma desde o início foi praticamente a líder inconteste. Outrossim, a partir de Constantino muitos imperadores romanos fizeram generosas concessões àquela igreja, buscaram o conselho dos seus bispos e promulgaram leis que ampliaram a autoridade dos mesmos.

Outro elemento importante é que desde cedo a igreja romana e os seus líderes reivindicaram, direta ou indiretamente, certas prerrogativas especiais. No final do primeiro século (ano 96), o bispo Clemente enviou em nome da igreja de Roma uma carta à igreja de Corinto para aconselhá-la e exortá-la quanto a alguns problemas que a mesma estava enfrentando. Um século depois, o bispo Vítor (189-198) exerceu considerável influência na fixação de uma data comum para a Páscoa, algo muito importante face à centralidade da liturgia na vida da igreja. As consultas entre outros bispos e Roma também datam de uma época antiga, embora a primeira decretal oficial (carta normativa de um bispo de Roma em resposta formal à consulta de outro bispo) só tenha surgido em 385, com o papa Sirício. Por volta de 255, o bispo Estêvão utilizou a passagem de Mateus 16.18 para defender as suas idéias numa disputa com Cipriano de Cartago. E Dâmaso I (366-84) tentou oferecer uma definição formal da superioridade do bispo romano sobre todos os demais.

Essas raízes da supremacia eclesiástica romana foram alimentadas pelas atividades capazes de muitos papas. No quinto século destaca-se sobremaneira a figura de Leão I (440-61), considerado por muitos "o primeiro papa". Leão exerceu um papel estratégico na defesa de Roma contra as invasões bárbaras e escreveu um importante documento teológico sobre a pessoa de Cristo (o Tomo) que exerceu influência decisiva nas resoluções do Concílio de Calcedônia (451). Além disso, ele defendeu explicitamente a autoridade papal, articulando mais plenamente o texto de Mateus 16.18 como fundamento da autoridade dos bispos de Roma como sucessores de Pedro. Seu sucessor Gelásio I (492-96) expôs a célebre teoria das duas espadas: dos dois poderes legítimos que Deus criou para governar no mundo, o poder espiritual – representado pelo papa – tinha supremacia sobre o poder secular sempre que os dois entravam em conflito.

O apogeu do papado antigo ocorreu no pontificado do notável Gregório I ou Gregório Magno (590-604), o primeiro monge a ocupar o trono papal. Sua lista de realizações é impressionante. Ele supervisionou as defesas romanas contra os ataques dos lombardos, realizou complicadas negociações com o imperador bizantino, saneou as finanças da igreja e reorganizou os limites e responsabilidades das dioceses ocidentais. Ele foi também um dedicado estudioso das Escrituras: suas exposições bíblicas, especialmente um comentário do livro de Jó, foram muito lidas em toda a Idade Média. Seus escritos sobre os deveres dos bispos deram forte ênfase ao cuidado pastoral como uma atividade prioritária. Ele reformou a liturgia, regularizou as celebrações do calendário cristão e promoveu a música sacra ("canto gregoriano"). Finalmente, Gregório foi um grande promotor de missões, enviando missionários para vários centros estratégicos do norte e do oeste da Europa e expandindo a área de jurisdição do papado.

Um momento especialmente significativo na evolução do papado ocorreu no Natal do ano 800, quando o papa Leão III coroou Carlos Magno como sacro imperador romano. A esta altura, a complexa associação dos elementos citados (e outros mais) havia criado uma situação na qual o bispo romano era amplamente considerado o principal personagem eclesiástico do ocidente, bem como o representante do cristianismo ocidental junto ao oriente. Algumas décadas antes, o pai de Carlos Magno havia cedido à igreja os amplos territórios do centro e norte da Itália que vieram a constituir os estados pontifícios. Isso fez dos papas governantes seculares como os demais soberanos europeus. Por vários séculos, os papas teriam um relacionamento estreito e muitas vezes altamente conflitivo com esses soberanos. Mas a sua autoridade como líderes máximos da igreja ocidental não seria questionada.

O papado também teve seus períodos sombrios, marcados por imoralidade e corrupção. Um desses períodos ocorreu entre o final do século IX e o início do século XI, quando a instituição papal foi controlada por poderosas famílias italianas. A história revela que um terço dos papas dessa época morreu de forma violenta: João VIII (872-882) foi espancado até a morte por seu próprio séquito; Estêvão VI (885-891), estrangulado; Leão V (903-904), assassinado pelo sucessor, Sérgio III (904-911); João X (914-928), asfixiado; e Estêvão VIII (928-931), horrivelmente mutilado, para não citar outros fatos deploráveis. Parte desse período é tradicionalmente conhecida pelos historiadores como "pornocracia", numa referência a certas práticas que predominavam na corte papal.

A partir de meados do século XI, surgiram vários papas reformadores que procuraram moralizar a administração da igreja, lutando contra vários males que a assolavam. O mais notável foi Hildebrando ou Gregório VII (1073-1085), que notabilizou-se por sua luta contra a simonia, ou seja, o comércio de cargos eclesiásticos, e ficou célebre por sua confrontação com o imperador alemão Henrique IV. Ele escolheu como lema do seu pontificado o texto de Jeremias 48.10: "Maldito aquele que fizer a obra do Senhor relaxadamente". Todavia, o ápice do poder papal ocorreu no pontificado de Inocêncio III (1198-1216), considerado o papa mais poderoso de todos os tempos, aquelo que, mais do que qualquer outro, concretizou o ideal da "cristandade", ou seja, uma sociedade plenamente integrada sob a autoridade dos reis e especialmente dos papas. Ele foi o primeiro a utilizar o título "vigário de Cristo", ou seja, o papa era não somente o representante de Pedro, mas do próprio Senhor. Seus sucessores continuaram por algum tempo a fazer ousadas reivindicações de autoridade sobre toda a sociedade, sem contudo transformá-las em realidade como o fizera Inocêncio.

Novo período de declínio e desmoralização do papado ocorreu no século XIV e início do século XV. Primeiro, os papas residiram na cidade de Avinhão, ao sul da França, por mais de setenta anos (1305-1378), colocando-se sob a influência dos reis franceses. Esse período ficou conhecido como "o cativeiro babilônico da igreja". Em seguida, por outros quarenta anos (1378-1417), houve dois e finalmente três papas simultâneos (em Roma, Avinhão e Pisa), no que ficou conhecido como "o grande cisma". Essa situação embaraçosa foi sanada por vários concílios reformadores, especialmente o de Constança, que reivindicaram autoridade igual ou mesmo superior à dos papas. Em reação, estes reafirmaram ainda mais enfaticamente a sua autoridade suprema sobre a igreja.

O final do século XV e início do século XVI testemunhou o pontificado dos chamados "papas do renascimento", os quais, ao contrário de muitos de seus predecessores ou sucessores, tiveram escassas preocupações espirituais e pastorais. Como papa Alexandre VI (1492-1503), o espanhol Rodrigo Borja dedicou-se prioritariamente a promover as artes e a embelezar a cidade de Roma; Júlio II (1503-1513) foi um papa guerreiro, comandando pessoalmente o seu exército; e Leão X (1513-1521) teria dito ao ser eleito: "Agora que Deus nos deu o papado, vamos desfrutá-lo". Foi ele quem despertou a indignação do monge agostiniano Martinho Lutero ao autorizar a venda de indulgências para concluir as obras da Catedral de São Pedro. O resultado dessa indignação é conhecido de todos.