A Reforma religiosa do século dezesseis deu origem, de modo direto ou indireto, aos diversos grupos que hoje constituem o protestantismo. Os nomes adotados por essas igrejas podem derivar do próprio nome do seu fundador ("luteranos", "menonitas"), de uma convicção doutrinária primordial ("batistas", "pentecostais") ou de sua estrutura eclesiástica e forma de governo ("episcopais", "congregacionais"). Nesta última categoria também se incluem os "presbiterianos."

As igrejas presbiterianas têm suas raízes na obra dos dois reformadores que entraram em cena pouco depois do pioneiro Martinho Lutero. Foram eles o suíço de língua alemã Ulrico Zuínglio (1484-1531) e o francês João Calvino (1509-1564), que atuaram ambos na Suíça, o primeiro em Zurique e o segundo em Genebra. Com a morte prematura de Zuínglio, Calvino tornou-se o principal líder e teólogo do movimento. No continente europeu, as igrejas que abraçaram a teologia e a estrutura eclesiástica preconizadas por Calvino adotaram o nome de "Igrejas Reformadas," principalmente em países como a própria Suíça, a França, a Holanda e a Hungria.

O nome "Igreja Presbiteriana" popularizou-se nas Ilhas Britânicas a partir da obra do reformador escocês João Knox (c.1514-1572), que foi discípulo de Calvino em Genebra. Eventualmente surgiram fortes comunidades presbiterianas na Escócia, Irlanda e Inglaterra. Através da imigração, os escoceses e irlandeses levaram o presbiterianismo para os Estados Unidos nos séculos dezessete e dezoito. Dos Estados Unidos, especialmente com o grande movimento missionário protestante do século dezenove, as igrejas presbiterianas e o nome "presbiteriano" foram introduzidos em muitos países do hemisfério sul. Entre esses países estava o Brasil, que teve como pioneiro presbiteriano o Rev. Ashbel G. Simonton, aqui chegado em 1859.

O termo "presbiteriano" decorre do fato de que nas igrejas desse nome o governo é exercido por "presbíteros." A palavra grega presbyteros encontra-se no Novo Testamento e significava originalmente "ancião," "homem idoso." À semelhança do que acontecia entre os judeus, também na igreja primitiva a liderança era exercida pelos membros mais experientes da comunidade, geralmente, mas não necessariamente, homens mais velhos. Eventualmente, o termo passou a ter um sentido técnico de líder da igreja e o aspecto da idade ficou em segundo plano. Assim, encontramos referências aos presbíteros em passagens bíblicas como Atos dos Apóstolos 11.30; 14.23; 15.2; 20.17; 1 Timóteo 5.17; Tito 1.5; Tiago 5.14; e 1 Pedro 5.1. Também encontramos o coletivo "presbitério" ou concílio de presbíteros em 1 Timóteo 4.14.

Portanto, seguindo o precedente bíblico, nas igrejas presbiterianas a liderança é exercida pelos presbíteros, os quais se subdividem em duas categorias – os presbíteros "regentes" (que governam), voltados primordialmente para funções administrativas, e os presbíteros "docentes" (que ensinam), ou seja, os ministros ou pastores. Esses dois tipos de presbíteros tem a mesma paridade, não se constituindo em uma hierarquia. Todavia, os pastores ou presbíteros docentes têm algumas funções privativas, como o ministração dos sacramentos. Os presbíteros exercem as suas funções em vários níveis: localmente, no "conselho" de cada igreja; em âmbito regional, nos presbitérios e sínodos; em âmbito nacional, no Supremo Concílio.